本罪与非罪的界限

1、划清妨害公务罪与人民群众抵制国家工作人员违法乱纪行为的界限。极少数国家机关工作人员，在执行公务过程中，假公济私，滥用职权，违法乱纪，损害群众的利益，引起公愤，群众对之进行抵制、斗争是应当支持、引导的。

2、划清妨害公务罪与人民群众因提出合理要求，或者对政策不理解或者态度生硬而与国家机关工作人员发生争吵、围攻顶撞、纠缠行为的界限。群众围攻、顶撞国家工作人员，通常是由于群众对国家工作人员依法宣布的某项政策、决定、措施不理解，有意见，向国家工作人员提出质问，要求说明、解释、答复、由于情绪偏激、态度不冷静、方法不得当而形成的村国家工作人员的围攻、顶撞行为。在围攻、顶撞过程中，常伴有威胁性语言和类似暴力的推擦、拉扯行为，在客观上妨害了公务。

本罪与分裂国家罪、武装叛乱、暴乱罪、颠覆国家政权罪等危害国家安全罪的界限

二者具有某些共同点，如都危害了国家利益，都必然会对国家的正常管理活动造成干扰和破坏;在行为方式、行为指向上有一些交叉;主体都是一般主体;主观方面都是出自故意。二者的区别点在于:

1、犯罪的直接客体不同。前者侵害的主要客体是国家的正常管理活动;后者则是国家安全。

2、犯罪的客观方面不同。首先在行为指向上，前者的行为指向往往具有特定性，即是某个具体的正在依法执行公务的国家机关工作人员或红十字会工作人员;后者的行为指向则是整个国家政权，就具体的侵害对象而言，通常具有随机性和不确定性。

在犯罪方法上，前者通常必须以暴力、威胁方法实施;后者则不限于此，以和平演变等方式危害国家政权、破坏国家统一的，也构成犯罪(武装叛乱、暴乱罪除外)。最后，从犯罪的危害结看，前者系刑法理论中的抽象危险犯或实害犯，对于后一情形，必须以造成实际危害后果且达严重之程度为必要;后者则系行为犯，即一经实施即达既遂，并不要求发生现实的危害结果，也不需要考察行为是否已引致危害国家安全的危险。

3、从犯罪主体来看，二者虽都可由任何具备刑事责任能力的自然人构成，但在实践中，后者的主体特别是其中的首要分子多是那些窃据国家重要职位，具有较大政治影响力的人;而前者的主体多见为普通公民。

4、犯罪的主观方面不同。这是二者最本质、最关键的区别。前者在主观方面既可以表现为直接故意也可以表现间接故意，行为人通常有妨害公务执行的目的，但不限于此;后者则只能出自直接故意，且行为人必须具有危害国家安全的目的。在实践中，会遇有危害国家安全的犯罪分子以暴力、威胁方法妨害、抗拒国家机关工作人员或红十字会工作人员依法执行公务的情形，这是妨害公务罪与分裂国家罪、武装叛乱、暴乱罪、颠覆国家政权等罪的法规竞合犯，对之应按法规竞合犯的基本法律适用规则――重法优于轻法，以后者论处。